La section 9 est un service de la sécurité publique inconnu de la population, spécialisé dans les actes terroristes et criminels liés à la technologie, et composé majoritairement de cyborgs. Effectivement avec l'avènement des cyber-cerveaux et leur connexion au réseau, l'homme s'est transformé en demi-ordinateur tout aussi perméable à une attaque informatique. La criminalité y a ainsi gagné une toute nouvelle dimension, que Motoko et ses hommes traquent avec efficacité.

Un pirate informatique surnommé le Marionnettiste (Puppet Master) excelle dans la prise de contrôle des ghosts, et utilise ainsi les humains comme des poupées. Une longue traque commence alors pour arrêter ce cyber-criminel, qui intéresse particulièrement Motoko.

Ghost in the Shell est l'oeuvre cyber-punk la plus marquante de l'histoire des films d'animation japonais. On prend conscience après l'avoir vue de son impact incommensurable sur toutes les productions du genre sorties ensuite, tous médias confondus. L'univers futuriste très sombre et réaliste, accompagné d'une grosse dose de réflexions philosophiques, a grandement influencé les frères Wachowski pour Matrix de leurs propres aveux. Et ce n'est qu'un exemple parmi tant d'autres.

Le film se permet effectivement d'aborder une question sans vraie réponse : "Qu'est-ce qu'un être humain ?". Motoko n'a plus rien d'organique à l'exception de son cerveau, largement amélioré par de nombreux implants. L'une des premières scènes de l'oeuvre s'apparente à une magnifique allégorie de la naissance, passage obligatoire pour tout être vivant. Mais rien ne tend ensuite à prouver que les cyborgs pourtant terriblement humains, appartiennent à cette catégorie. La découverte de l'identité du Marionnettiste va bien entendu approfondir d'autant plus le débat, alors que le film ne manque pas de scènes dérangeantes pour faire douter le spectateur. Voir Motoko briser son corps dans des efforts improbables a par exemple, de quoi faire réfléchir sur la relation primordiale qui relie l'esprit à l'enveloppe.

Mais Ghost in the Shell s'avère aussi suffisamment dynamique pour ne pas ennuyer par ses débats sans fin. Les quelques scènes d'actions très bien réalisées viendront rapidement démontrer toute la dureté et la violence du monde de demain. On est aussi saisi par la dimension politique, avec ses célèbres conflits d'intérêts entre sections de la sécurité publique. Enfin, on accroche au travail effectué sur l'esthétisme de l'oeuvre, que ce soit sur l'aspect visuel comme auditif. On obtient donc un film culte à voir absolument, même par un public actuel.